頻繁に電車での移動がある個人事業者にとって交通費の計算は非常に面倒な作業の1つです。

suicaやpasmoなどのチャージの領収書で交通費の計算をしている人もいますが、交通費だけでなく買い物にも使えるため交通費の領収書としては証拠になりにくい状況です。その気になればチャージした領収書とsuicaで買い物した領収書の二重計上はできますし、チャージしたお金でプライベートの買い物も可能です。税務調査では交通費支出と認められない可能性も有ります。

結局「○月○日 新宿~東京 200円」のように個別にリスト化するのが一番安心確実なのですが正直めんどくさい…

ということで使って欲しいのがsuicaなどの履歴が読めるICカードリーダーです。sonyのパソリならCSVファイルで履歴を出力できます。
http://www.sony.co.jp/Products/felica/consumer/guide/transportation.html

また、スマートホンの中にはICカードの読み取り機能(NFC)が付いているものがあり履歴を見られるアプリがあります。
https://play.google.com/store/apps/details?id=yanzm.products.suicareader&hl=ja

これらを活用すると交通費の計算がずっと楽になります。

ご注意いただきたいのがICカード自体の履歴の記録数です。カード内には最新20件のデータしか残っていないので頻繁に外出する方はこまめに記録を出力する必要があります。
私の場合は「10回以上乗ったな」と思ったあたりで

『CSVファイルを出力→交通費用に作ったエクセルのシートに追加で貼り付け』

だけしておいて後で月別の集計をしています。これだけでもあとから交通費を調べる必要がないので大幅な時間短縮になります。

交通費の計算が面倒な方は参考にして下さい。